工程预算在我国工程预算控制中的应用问题及建议：
（1）建设单位及施工单位不了解和不重视
我国以公有制为主体，多种所有制经济共同发展的基本经济制度决定了我国许多大中型建设项目的建设单位都是 ，且大多数建设单位对工程预算控制的重视远远不够，不少建设单位是想方设法把资金用完，而不是节约资金。施工单位则只注重承接业务，不注重对业主的承诺实现。
（2）价值工程的实施未贯穿于工程项目全生命周期
目前，我国大多数工程项目应用价值工程的造价控制都仅局限于某一阶段，如项目竣工结算阶段、设计阶段、材料采购阶段等
工程预算审核以单位工种为标的，只对单位工程造价的合理负责。审计与工程造价审核是两个截然不同的专业学科，审计以会计师、审计师为主；而工程造价审核以工程经济和工程技术人员为主。目前 正在实程量清单计价的突出特点就是“量价分离、投标竟争”。工程量的产生依据施工图、设计变更、施工过程中产生的洽商来确定，费用产生的依据是由施工企业依据自身的施工管理水平确定的直接费、间接费、措施费、利润四部分的总和。
例如，在某工程造价进行审计时，发现程项目很多，投资较大 ，如要对每个项目都进行审计，将要耗费大量的时间和精力。针对这一情况 ，审计人员在制定审计实施方案时 ，决定采用重点抽查法进行本次工程预算。经排查 ，发现天花进口矿棉板报价80 元/ m2，这个价格比市场上同类产品高出许多，为了保证审计质量，降低审计风险，审计人员一方面要求有关单位提供该进口材料的海关报关单、购销合同和发票 ，另一方面又持单位介绍信到该进口矿棉板代理处直接查询，经过三番两次的调查取证 ，终于在较短的时间内了解到有关该材料的实际价格情况。在确凿证据的面前，有关单位终同意按 56 元/m2进行结算，仅此一项就核减工程造价1556167.60元 ，为政府节约了大量的财政资金。
工程预算工程变更是指在因设计文件或技术规范修改而引起的合同变更，具体来说是指设计变更、施工条件变更、进度计划变更以及原招标文件和工程量清单中未包括的“新增工程”等。设计变更是工程变更中典型的一种，是工程施工过程中为保证设计和施工质量、纠正设计错误以及为了满足现场施工环境条件变化而进行的设计修改完善工作，一般由设计单位提出并出具设计变更通知单。设计变更产生的原因主要有由于设计单位本身的疏忽或对设计规范、工程的使用功能等没有完全理解而造成的设计不合理或遗漏。